選擇公積金購房買房還有以下幾個問題要面對：首先，向銀行申請公積金貸款的放款周期冗長。公積金貸款跟商業貸款相比，最大的劣勢就是放款時間太長，如果商業房貸也就一個月能放款，而公積金貸款最少要三個月的時間，這使購房者買方存在著很大的不確定性。
再者，開發商不喜歡，因為公積金貸款時間過長了，開發商最不喜歡公積金貸款買房這種方式，甚至有的開發商表示，如果購房者全款買房95折，如果商貸購房98折，但是如果公積金買房就沒有優惠打折了。正是因為開發商對公積金購房的不待見行為，使得很多購房者無法使用公積金購房。
月供低一點，減少購房成本！缺點就是開發商不待見，公積金回款相對商業貸比較慢，周期較長，像珠三角這邊100個新樓盤估計都找不到2個肯接受公積金貸款的開發商，投訴開發商也沒用，開發商可以選擇不賣給你，畢竟現在是賣方市場
現在國內很多大城市房價動輒幾百萬甚至上千萬，普通居民都希望通過公積金貸款來減輕一下還貸壓力。不過，從目前情況看，公積金貸款對于總價比較低的房子會起到一定減壓作用，而對于那些總價高的房子，公積金貸款就可能觸及上限，還有一大部分就需要用商業貸款去補缺口。而且公積金對于開發商和銀行來說都是雞脅，動用公積金購房會遇到很大阻力。所以，公積金改革應該還有進一步放寬使用范圍和調高上限的空間。