1、 參保的人群不同。沒有固定工作單位的個人，可以以靈活就業(yè)人員的身份自行繳納靈活就業(yè)人員醫(yī)保，而城鄉(xiāng)居民醫(yī)保的參保人員是沒有參加職工醫(yī)保的人員，除了靈活就業(yè)人員以外，老人小孩等也可以參加。

2、 繳費的方式不同。靈活就業(yè)人員醫(yī)保每月都需要繳納醫(yī)保費用，一旦出現(xiàn)斷繳，會影響醫(yī)療保險待遇。城鄉(xiāng)居民醫(yī)保采用的是一年一繳費，交一年費用，獲得一年的醫(yī)療保障，錯過了集中繳費時間可能無法補繳。

3、 報銷比例不同。靈活就業(yè)人員繳納的職工醫(yī)保報銷比例高，而城鄉(xiāng)居民醫(yī)保的報銷比例相對較低。

4、 醫(yī)保賬戶不同。靈活就業(yè)人員繳納的職工醫(yī)保通常會建立醫(yī)保個人賬戶，每月有部分金額返還到醫(yī)保個人賬戶中，這部分金額可以在定點藥店購買藥品，也可以在定點醫(yī)院看病消費，各地具體使用方法要求可能不同。而城鄉(xiāng)居民醫(yī)保沒有醫(yī)保個人賬戶。

5、退休時醫(yī)保待遇不同。靈活就業(yè)人員退休時只要醫(yī)保繳費年限（含視同繳費年）男滿25年、女滿20年的，從批準退休的次月起無需再繳納醫(yī)保費用并享受職工醫(yī)保待遇，而參保城鄉(xiāng)居民醫(yī)保則需按年度繳費后才能享受當年城鄉(xiāng)居民醫(yī)保待遇。

總的來說，靈活就業(yè)人員醫(yī)保和城鄉(xiāng)居民醫(yī)保各有利弊，大家根據(jù)自身情況選擇即可。