1、兩者的性質不一樣

農村信用合作社，從性質上來說，它跟原來的性質差不多，它是由農民入股，由社員民主管理，主要為社員服務的合作性金融組織，其性質是股份合作制。而農村商業銀行則是按照商業銀行的規范來運營，屬于股份制有限公司。

2、股東結構不一樣

農村信用合作社的股東主要由社員構成；而農商行的股權結構就比較復雜，既可以是當地的農民，也可以是當地工商戶以及企業。

3、治理結構不一樣

農村信用社治理模式很簡單，就是在省聯社統一指揮下，由社員自主管理，自負盈虧；而農村商業銀行管理比較規范，采用的是現代企業管理，設立股東會，股東會是農村商業銀行最高權力機構。

4、規模不一樣

農村信用社的規模相對比較小，只有發展到一定的規模，符合核心資本充足率，資本充足率、不良貸款和呆賬準備充足率等各方面的指標，才能升級到農商銀行，通過掛牌農商行。農商銀行比農村信用社規模要大，是農村信用社的升級版，未來還可以上市，成為公眾公司，信用社不能上市。