農村商業銀行是各省獨立的系統，而非全國性的統一銀行系統。一般是以一個區縣農村商業銀行為法人機構，以一個地市的農村信用社辦事處為市級管轄單位，然后以省聯社為一個省的信用社最高管轄機構。

每一個區縣的農村商業銀行是一個獨立的法人機構，它在執行利率方面有著獨立的一面，不受市級辦事處和省級聯社的干擾，可以直接覺得本區縣的農村商業銀行執行利率的大小，每一個區縣的農村商業銀行自己就有決定權，在存貸款方面，自己就要話語權，這是一個得天獨厚的優勢，自主權牢牢在握，總比一個國有銀行的地方級分行自主權大的多。

農村商業銀行最大的好處就是存貸款利率可以自行決定。不同的農村商業銀行利率不同，具體執行利率還是要看銀行究竟能夠盈利多少，執行利率必須制定讓銀行有利可圖才可以，總不能一毛不拔。農村商業銀行存款利率可以自行上浮，特別是基層網點攬儲的一大優勢，很多地方的農村商業銀行就是利率上浮幅度很大，才讓更多的客戶紛紛前來存款。

目前農村商業銀行以省為獨立系統，恰恰符合當今的管理模式，省市縣三級管理模式正好符合當今管理模式，看似區縣一級是法人機構，但是市辦事處依然可以掌控轄內區縣法人機構的一切，而省聯社也可以掌握全省的農村商業銀行運營和法人治理的情況。