二者主要有以下幾點不同：

【1】使用范圍不同。靈活就業醫保可以掛號、看病就醫、藥店買藥、住院治療報銷等。而新農合目前多個城市只有住院才可以報銷，少數看病就診也可以報銷。相對而言。靈活就業醫保使用范圍更廣一些。

【2】報銷比例不同。靈活就業醫保報銷比例普遍比新農合比例高一些。一般情況下，靈活就業醫保報銷70%-90%，而新農合報銷50%-70%。

【3】報銷的標準不同。新農合報銷起付線、封頂線都比較低，而靈活就業醫保報銷的起付線比較高，相對新農合而言繳費標準高一些但是報銷額度也大一些。

靈活就業人員交醫保還是交新農合要分具體的情況來看。新農合以及靈活就業醫保在不同地區能夠報銷的比例也是不同的。比如說，在鄉鎮醫院治療的話，新農合報銷比例會更好一些。而在市級醫院以上的醫院就醫，靈活就業醫保報銷的比例更高一些。因此，如果勞動者日常看病就醫多以鄉鎮醫院為主，可以選擇新農合。但是如果是在市級以上醫院，建議靈活就業交醫保更好一些。此外，靈活就業社保當中是有個人賬戶的，可以用于在定點藥店買藥或者是買一些醫療器材，且累計繳費滿25年后還可以享受終身靈活就業醫保待遇。