1、繳費標準不同，深圳社保一檔的繳費比例是單位交5.2%，個人繳交2%進入個人賬戶，最低繳費基數為上年度月社會平均工資的60%，而深圳社保二檔的繳費比例是單位交0.6%，個人交0.2%，個人賬戶不返費。

2、醫保不同，深圳社保一檔的醫保有個人賬戶，在所有定點醫療或社康都可以直接刷社保卡結算，而且可以在12個月內申請報銷異地門診費用，而深圳社保二檔的醫保沒有個人賬戶，只能在綁定的醫院或社康刷社保卡進行結算，并且不能報銷異地門診費用。

3、參保條件不同，深圳社保的醫保一檔只能是具有深圳戶口的人參保，而深圳社保的醫保二檔是非深圳戶口的人才能參保。

深圳社保一檔和二檔的選擇是根據參保人的戶籍來進行的。

如果參保人具有深圳市戶籍，在有單位交費的情況下只能選擇深圳社保一檔，如果是沒有各種單位的個人繳費，可以選擇深圳社保一檔或者二檔。

如果參保人是非深戶，可以選擇深圳社保的任何一種醫保檔次，不過，盡量不要選擇三檔。

如果參保人是小孩或者大學生，參加深圳社保統一參加醫保的二檔。

另外，參保人只要選擇了深圳社保一檔或者二檔，就要交生育保險，選擇深圳社保三檔就不交生育保險。